由于段祺瑞执政府行将垮台，北京大学内部又处于四分五裂之中，加上国民党广州政府正在苏联政府的支持下积极筹备北伐战争，蔡元培便以国民党元老的身份留在了南方。2月7日，蔡元培在北大旅沪毕业同学公宴中发表意见说：“大学之大，因其无所不包，各种言论思想均可自由，但亦不必出于互相诟骂。如各有主张，尽可各自鼓吹自己主张之长处，不必攻击或排斥他种主张。北大内部现今似有党派的趋势。”

　　在女师大学潮中站在国民党元老李石曾为首的法日派一边充当文化杀手，对于以胡适、蒋梦麟、王世杰、陈源、丁文江、丁西林、李四光等人为代表的英美派“绅士”一再“诟骂”的周作人，当时正处于无法在北大继续安身的尴尬境地之中，只好再一次把自己的前途命运寄托在前辈同乡蔡元培的身上。于是便有了他1926年4月25日致蔡元培的公开信：

　　自先生去国后，荏苒三载，未曾奉候，疏懒之罪，无可辩解。今年春初阅报，知先生返国，暂赴故乡休养，即行北上。……先生此次返校后，即使政治如何暗浊，北大当不至再滚入漩涡中，于先生亦当别无危险。此其一。……“教授治校”，此为北大之特长，使校长不妨暂离之原因。但以个人观之，成绩未可乐观，如教务长与总务长不能兼任，载在章程，最近改选教务长，乃即由现任总务长当选兼任，该项章程，在此次选举，似已不发生效力，故北大法治之精神，实已有疑问。不得望先生之来而加以补救者也。此其三。作人在北大将及十年，除教课外，于教务素不过问。今因先生不来北京，与北大前途关系至大，偶有所见，不敢缄默。敬以奉陈，狂愚之言，尚祈宽容是幸。

　　周作人的公开信于4月30日刊登在《北京大学日刊》。5月15日，蔡元培写来回信：“启明先生大鉴：奉四月二十五日惠函，语重心长，感荷无已。弟对于北大，既不能脱离，而久旷职守，慊愧万分。惟现因胃病大发，医生禁为长途之旅行，一时竟不克北上。稍愈决当首途，容晤馨一切。敬希鉴谅，并祝著祺。弟蔡元培敬启。”

　　5月28日，蔡元培的这封短信在《北京大学日刊》发表，信后附有一则“记者按”，针对周作人前信中的不实之辞予以批驳：“总务长兼代理校长蒋梦麟先生自被选取为教务长后，已请余文灿先生为总务长矣。此事已在本刊上公布，请予注意。”针对《现代评论》派的北大同人极尽造谣诟骂之能事的周作人，偏偏把自己包装为“于教务素不过问”的老实人，更是其刀笔吏根性的极端表现。

　　在此之前的5月19日，周作人已经颇为知趣地向北大校方提交了告假两年的声明函。在7月19日出版的《语丝》第88期中，他又以一篇《我们的闲话（二六）》，再一次向蔡元培发起挑战：“北大内部的党派，已是事实，也不是始于今日，因为有党派所以这才能说无所不包，否则怎么说能包呢？……我知道自己也有毛病，便是不能世故。我在北京混了十年，至今还是《新青年》与《每周评论》时代的意见与态度，这在现今似乎是不很通行的了。”

　　从1927年4月12日开始，国民党方面开始在上海、广东等地大规模实施针对共产党人的“清党”运动。远在北京的周作人，在自己主编的《语丝》上先后发表《猫脚爪（闲话拾遗四十六）》、《怎么说才好（随感录四十九）》、《功臣（随感录六十五）》等多篇文章，抨击“清党”中的残暴行为，同时还对吴稚晖、蔡元培、胡适等人进行谴责：“最奇怪的是智识阶级的吴稚晖忽然会大发其杀人狂，而也是智识阶级的蔡、胡诸君身在上海，又视若无睹，此种现象，除中国人特嗜杀人说外，别无方法可以说明。”（14）

　　等到国民党改北京为北平之后，周作人却闭上了嘴巴。反倒是参与组建中国民权保障同盟的蔡元培、胡适等人，切切实实地救助了一些政治犯，其中包括中共地下党员刘尊棋及其妻子郑倚虹，中共前领导人陈独秀、韩麟符，共产国际情报人员牛兰夫妇。

　　1926年4月25日写下公开信要求蔡元培返校任职的周作人，到了1929年7月20日写给江绍原的私人书信中，却又站到反对蔡元培返校任职的另一边：“北大将独立，校长则以蔡太史呼声为高，唯不佞甚反对，其理由告知川岛，今不赘。”

　　川岛就是章廷谦，是鲁迅和周作人兄弟屡屡对蔡元培发泄怨恨情绪的固定对象。周作人之所以反对蔡元培重新出任北大校长，是因为他与北平教育界的行政当局李石曾、易培基、沈尹默等人，已经在女师大学潮中结成利益共同体，而与强力支持蔡元培的胡适、蒋梦麟、王世杰、陈源等英美派学人结下了很深的仇怨。

　　好在蔡元培并没有返回北大，随后返回北大的蒋梦麟、胡适等人也大都是不计前嫌的“正人君子”，颇为世故的周作人，积极主动地与胡适派文人恢复了《新青年》时代的同人情谊。1934年4月，由林语堂主编的《人间世》创刊，创刊号中隆重推出了周作人的“五十自寿诗”。诗用险韵，和之颇难，平素不大写诗的蔡元培，居然连和三首寄赠周作人。诗中记叙新年儿戏的情形，写入许多越语乡俗，还细加注释。对于蔡元培颇多不满之处的周作人，不禁为之动情。在60年代撰写的《知堂回想录》中，他竟用七个篇章专门回忆蔡元培的为学和为人。